Embrionālās/ augļa

Ar vislielākajām iespējām izceļas embrionālās cilmes šūnas, kuras iegūst no ļoti agrīnas stadijas embrija (kuru veido apmēram 50-150 šūnas). Embrionālās izcelsmes šūnas var praktiski neierobežoti vairoties un pārveidoties par visu tipu specializētajām šūnām. Augļa cilmes šūnas izdala no augļa audiem (9.-22. grūtniecības nedēļā), tām raksturīgs ļoti spēcīgs vairošanās potenciāls, tās jau ir pārveidojušās par atbilstošu audu šūnām. Šo šūnu pētījumi tiek ierobežoti ētisku un morālu aspektu dēļ.